SSL/SSH protege dados transitando de um cliente para o servidor, mas não protege os dados guardados em um banco de dados. SSL é um protocolo on-the-wire.
Uma vez que o atacante ganha acesso direto ao seu banco de dados(desviando do servidor web), os dados armazenados podem ser expostos ou sofre uso nocivo, a não ser que a informação seja protegida pelo banco em si. Criptografa os dados é uma boa maneira de diminuir essa ameaça, mas poucos bancos de dados oferecem esse tipo de criptografia de dados.
A maneira mais fácil de contornar esse problema é primeiro criar seu próprio pacote de criptografia, e então usá-lo no seus scripts PHP. O PHP pode ajudá-lo com várias extensões, tais como Mcrypt e Mhash, cobrindo uma grande variedade de algoritmos de criptografia. O script criptografa os dados antes de inserí-los no banco de dados e descriptografa quando os recupera. Veja as referência para outros exemplos de como criptografia funciona.
No caso de dados realmente escondidos, se sua representação crua não é necessária (ex.: não será mostrada), usar uma função de hash pode ser levada em consideração. Um exemplo bem conhecido disso é guardar o hash MD5 de uma senha no banco de dados ao invés da senha em si. Veja também crypt() e md5().